Tratamiento del SIBO: fases, antibióticos y cómo evitar recaídas

Es la pregunta que nos hacemos nada más recibir el diagnóstico: vale, tengo SIBO, ¿y ahora qué? El tratamiento del SIBO funciona así en la práctica, con sus fases, porque no es solo “tómate un antibiótico y ya está”.

Como siempre, esto es información general basada en lo que he leído e investigado (y en parte vivido). Recuerda que no sustituye la valoración de tu médico o dietista-nutricionista.

Qué es el SIBO y por qué hay que tratar también la causa

El SIBO (sobrecrecimiento bacteriano en el intestino delgado) es cuando hay demasiadas bacterias en el intestino delgado, justo antes del intestino grueso o colon. Normalmente, la mayor parte de las bacterias está en el intestino grueso. Cuando hay demasiadas en el delgado, pueden liberar gases como hidrógeno, metano y sulfuro de hidrógeno. El metano lo producen en realidad arqueas y no bacterias, por eso se habla también de IMO. El SIBO puede causar diarrea, estreñimiento, hinchazón y dolor abdominal, y varía de una persona a otra. Ya hablé de la diferencia entre SIBO y Colon Irritable, que se confunden mucho.

Lo importante, y lo que muchas veces se pasa por alto, es que a menudo el SIBO ocurre como consecuencia de otras afecciones, y para encontrar una solución a largo plazo es esencial encontrar y tratar la causa de fondo. Condiciones como el bajo ácido del estómago (a veces causado por el uso prolongado de inhibidores de la bomba de protones ¹), el mal funcionamiento de la válvula ileocecal, cirugías abdominales previas, diabetes, hipotiroidismo y la motilidad intestinal lenta pueden ser causas de fondo. Identificar y abordar estas es el enfoque de la guía de la AGA ².

Diagnóstico: antes de tratar, confirmar

Una prueba de aliento con lactulosa o glucosa puede diagnosticar el SIBO. Durante la prueba se toma lactulosa o glucosa, que fermentan las bacterias, liberando hidrógeno y metano, y en algunos laboratorios también sulfuro de hidrógeno. Es importante que un profesional de la salud interprete la prueba junto con tus síntomas, porque no todas las personas que tienen síntomas de SIBO realmente lo tienen. De hecho, la propia AGA reconoce que la definición de SIBO es imprecisa.

Ya expliqué cómo es esa prueba y cómo prepararla con más detalle.

Los pilares del tratamiento del SIBO

El tratamiento del sobrecrecimiento bacteriano no es un único paso, son varios que van encadenados. Si te saltas alguno, aumenta el riesgo de que el SIBO vuelva.

1. Tratamiento antibiótico

El antibiótico más utilizado para el tratamiento del SIBO por hidrógeno es la rifaximina. Un metaanálisis de 32 estudios informó que la rifaximina erradicó el SIBO en el 71 % de los pacientes ³. Sin embargo, los autores señalaron que la calidad de los estudios es en general baja. La rifaximina apenas se absorbe y, por tanto, se limita a su sitio de acción, el intestino. La neomicina se añade a la rifaximina para tratar el SIBO por metano (o IMO), ya que, en un estudio retrospectivo, la rifaximina sola fue menos efectiva contra el metano ⁴. Los datos que respaldan la selección de antibióticos para el SIBO son limitados, y la AGA reconoce que el tratamiento es en gran parte empírico. Las dosis y las pautas las decide tu gastroenterólogo, y no las incluyo aquí, ya que varían de un caso a otro. Si te interesa una experiencia real con este antibiótico, ya conté cómo me fue tras dos ciclos de rifaximina.

2. Antimicrobianos naturales, como alternativa o complemento

Algunas personas prefieren usar hierbas de acción antimicrobiana, o usarlas además de los antibióticos, como la berberina, la alicina o el aceite de orégano. Hay menos evidencia que con los antibióticos: estudios más pequeños, con resultados prometedores. Una red de metaanálisis de 2025 colocó la berberina entre las mejores opciones, aunque los autores señalan que los resultados deben validarse con estudios de comparación directa ⁵. Ya escribí sobre esto con más detalle en Antibióticos naturales para SIBO. Solo porque algo sea natural no significa que no exista riesgo, así que antes de usarlos hay que consultar a un profesional de la salud.

3. Dieta baja en FODMAP, de apoyo

La dieta no cura el SIBO, pero puede aliviar el malestar mientras dura el tratamiento, porque limita el alimento disponible para esas bacterias. Una revisión de 2026 de las guías sugiere que, si bien la evidencia es insuficiente para respaldar que la dieta elimine el SIBO, puede ser útil en combinación con otras terapias ⁶. Si quieres un ejemplo práctico, tengo un menú semanal para SIBO con todo detallado, dentro de las 4 dietas para Colon Irritable y SIBO que suelo mencionar. Lo importante es no mantener la restricción para siempre: los estudios sobre la dieta baja en FODMAP en el SII muestran que disminuye las bifidobacterias ⁷, y la fase restrictiva está pensada para durar de 2 a 6 semanas ⁸.

4. Procinéticos, la parte que más se olvida

Es la fase que más se olvida, y una de las razones que se barajan para explicar por qué el SIBO recae tanto. Los procinéticos y qué hacen en el tratamiento SIBO se encuentran desde opciones naturales como el jengibre hasta fármacos recetados, y pretenden promover el complejo motor migratorio, la función de autolimpieza del intestino delgado. Si bien la evidencia de que eviten las recaídas es limitada, se usan por su lógica fisiológica: si el intestino se mueve lentamente, es más fácil que las bacterias se acumulen. Un metaanálisis en red de 2025 colocó la combinación de rifaximina con un procinético en la parte superior en el subgrupo de pacientes con SIBO y trastornos digestivos funcionales, pero los autores consideran que el análisis genera hipótesis ⁵.

5. Probióticos específicos

No todos los probióticos son de utilidad. Las cepas que se han estudiado para el SIBO no son las mismas que las que suelo recomendar para el Colon Irritable en general. Una revisión de 2026 encontró que VSL#3 y la levadura Saccharomyces boulardii CNCM I-745 erradicaron el SIBO en ensayos aleatorizados (58 % y 80 %), aunque el nivel de evidencia era bajo ⁹. Un profesional de la salud puede ayudarte a seleccionar la cepa adecuada para tu tipo de SIBO (hidrógeno, metano o mixto).

SIBO y Síndrome del Intestino Irritable: por qué se solapan tanto

Algunas personas con SII también presentan SIBO. En un metaanálisis, el SIBO fue unas 3,7 veces más frecuente en personas con SII que en personas sin SII, aunque la calidad de la evidencia fue baja y los resultados varían según el método diagnóstico ¹⁰. La AGA también menciona que existe controversia sobre el papel del SIBO en los síntomas del SII. Los síntomas digestivos de ambas afecciones se parecen mucho (hinchazón, gases y cambios en los hábitos intestinales). Por lo tanto, si el tratamiento convencional para el SII no te funciona del todo, puede ser razonable hablar con tu médico sobre si hacerte una prueba de SIBO, teniendo en cuenta sus limitaciones.

Es información que conviene llevar ya masticada a la consulta con tu profesional de la salud, para que valore el tratamiento adecuado a tu caso.

Qué pasa si no se trata el SIBO a tiempo

Un SIBO mantenido en el tiempo puede provocar malabsorción de nutrientes y, en los casos más significativos, esteatorrea. En los análisis puede aparecer déficit de vitamina B12, aunque es poco frecuente, y también pueden observarse niveles elevados de ácido fólico ². Es otra razón más para no dejarlo estar.

¿Cuánto tiempo tarda en curarse el SIBO?

No existe una respuesta estándar sobre cuánto tiempo se tarda en curar el SIBO. La duración del ciclo de antibiótico la decide tu médico; en el estudio de Lauritano consistió en una semana de rifaximina. Todo el proceso (incluidas la fase de procinéticos y la reintroducción de alimentos) varía de una persona a otra. Las recaídas sí ocurren: en un estudio de 80 pacientes, el test volvió a dar positivo en el 44 % a los 9 meses ¹¹, y la edad, la apendicectomía previa y el uso crónico de inhibidores de la bomba de protones se asociaron a la recaída.

¿Qué no comer si tengo SIBO?

Mientras recibes tratamiento, normalmente se te indicará que reduzcas las legumbres, los lácteos con lactosa, el ajo y la cebolla, los cereales que contienen gluten y las frutas muy fermentables como la manzana y la pera. Esto no es una prohibición permanente; es para la fase de tratamiento.

¿Qué medicamento se utiliza para el SIBO?

El fármaco más utilizado es la rifaximina. Para el SIBO de metano, normalmente se añade neomicina. Se prescriben procinéticos y a veces se utilizan antimicrobianos naturales, pero con menos evidencia.

¿Cuál es el mejor tratamiento para SIBO?

No existe un mejor tratamiento único. La guía de la AGA se centra en abordar las causas subyacentes del SIBO y corregir las deficiencias nutricionales, así como en el uso de antibióticos. Lo ideal es que tu médico personalice el plan de tratamiento para tu tipo de SIBO y la causa que lo desencadenó, y que valore si son necesarios procinéticos, dieta y probióticos para restaurar el funcionamiento normal del sistema digestivo.

Resumiendo un poco

Tratar el SIBO bien no es solo matar la bacteria de más, es también entender por qué apareció y evitar que vuelva. Si llevas ya un ciclo de antibiótico y sigues igual, probablemente falte alguna de estas piezas en tu protocolo, o quede pendiente encontrar la causa del SIBO en tu caso concreto. Habla con tu digestivo o dietista-nutricionista para revisar el enfoque completo, no solo el antibiótico suelto.

Referencias

1. Khurmatullina AR, et al. The Duration of Proton Pump Inhibitor Therapy and the Risk of Small Intestinal Bacterial Overgrowth: A Systematic Review and Meta-Analysis. J Clin Med. 2025;14(13):4702.[↩]
2. Quigley EMM, Murray JA, Pimentel M. AGA Clinical Practice Update on Small Intestinal Bacterial Overgrowth: Expert Review. Gastroenterology. 2020;159(4):1526-1532.[↩][↩]
3. Gatta L, Scarpignato C. Systematic review with meta-analysis: rifaximin is effective and safe for the treatment of small intestine bacterial overgrowth. Aliment Pharmacol Ther. 2017;45(5):604-616.[↩]
4. Low K, et al. A combination of rifaximin and neomycin is most effective in treating irritable bowel syndrome patients with methane on lactulose breath test. J Clin Gastroenterol. 2010;44(8):547-550.[↩]
5. Zhang Q, Li H, Chen C, Li M, Song J, Pan S, Shen B, Huang Y. Comparative efficacy of diverse therapeutic regimens for small intestinal bacterial overgrowth: a systematic network meta-analysis. Ther Adv Gastroenterol. 2025;18:17562848251399033.[↩][↩]
6. Jodkiewicz M, Malinowska J, Marek-Woźny K. Global perspectives on dietary management of small intestinal bacterial overgrowth (SIBO): a systematic review of clinical guidelines, consensus statements and expert recommendations. Front Med (Lausanne). 2026;13:1952995.[↩]
7. So D, Loughman A, Staudacher HM. Effects of a low FODMAP diet on the colonic microbiome in irritable bowel syndrome: a systematic review with meta-analysis. Am J Clin Nutr. 2022;116(4):943-952.[↩]
8. Monash University FODMAP. Just 2-6 weeks, not a STRICT diet for life. https://monashfodmap.com/blog/just-2-6-weeks-it-is-not-diet-for-life_8/[↩]
9. Maslennikov R, Agarkova V, Poluektova E, et al. Treatment of Small Intestinal Bacterial Overgrowth (SIBO) in Gastrointestinal, Hepatic, Endocrine, Neurological, and Postoperative Diseases: A Comprehensive Narrative Review. Med Sci (Basel). 2026;14(2):300.[↩]
10. Shah A, et al. Small intestinal bacterial overgrowth in irritable bowel syndrome: a systematic review and meta-analysis of case-control studies. Am J Gastroenterol. 2020;115(2):190-201.[↩]
11. Lauritano EC, et al. Small intestinal bacterial overgrowth recurrence after antibiotic therapy. Am J Gastroenterol. 2008;103(8):2031-2035.[↩]